คือ การคัดแยกสิ่งเจือปนให้ออกจากเมล็ดพันธุ์ การทำความสะอาดจะกำจัดสิ่งเจือปนต่าง ๆ เช่น ฝุ่น กรวด หิน ดิน ทราย เศษใบไม้ เศษพืช หรือสิ่งแปลกปลอมอื่นๆ ที่ติดมากับเมล็ดพันธุ์ เมล็ดพันธุ์ที่ผ่านการคัดแยกสิ่งเจือปนแล้วควรมีความบริสุทธิ์มากกว่า 99 % และสิ่งเจือปนไม่เกิน 1% การคัดทำความสะอาดเมล็ดพันธุ์ข้าวมี 3 ขั้นตอน ได้แก่

1. การคัดทำความสะอาดขั้นต้น เพื่อกำจัดสิ่งเจือปน เช่น เศษหิน ใบไม้ เศษฟาง เป็นการคัดทำความสะอาดแบบหยาบ เครื่องมือที่ใช้ได้แก่ เครื่องสีฝัดแบบจีน ใช้พัด แรงลมธรรมชาติ เป็นต้น ปัจจุบันมีเครื่องจักมาช่วยทำให้สะดวกและรวดเร็วมากขึ้น

2. การคัดทำความสะอาดอย่างละเอียด ใช้เครื่องคัดทำความสะอาดเมล็ดพันธุ์แบบตะแกรงลม เพื่อกำจัดสิ่งเจือปนที่ยังออกไม่หมด

3. การคัดแยกและการคัดเกรดเมล็ดพันธุ์ กำจัดสิ่งเจือปนที่มีขนาดและน้ำหนักใกล้เคียงกับเมล็ดพันธุ์ ที่เครื่องคัดทำความสะอาดเมล็ดพันธุ์แบบตะแกรงลมไม่สามารถแยกสิ่งเจือปนออกได้ ขั้นตอนนี้จะสามารถคัดแยกได้ละเอียดกว่าขั้นตอนที่ 2