โรงเก็บเมล็ดพันธุ์ ต้องมีคุณลักษณะพิเศษกว่าโรงเก็บสินค้าทั่วไป เพราะเมล็ดพันธุ์เป็นสิ่งมีชีวิต โรงเก็บเมล็ดพันธุ์ต้องมีสภาพที่เหมาะสม มั่นคงแข็งแรง โดยมีลักษณะ ดังนี้

       1. พื้นที่จัดเก็บมีความราบเรียบสม่ำเสมอ สามารถทนน้ำหนักเมล็ดพันธุ์ที่กดทับได้

       2. โรงเก็บต้องป้องกันน้ำได้ ไม่ว่าจะเป็นการสาดจากน้ำฝน น้ำไหลท่วมจากภายนอกอาคาร หรือน้ำซึมผ่านจากใต้ดิน

       3. มีการระบายอากาศที่ดี มีการติดตั้งพัดลมดูดอากาศ ให้มีอากาศหมุนเวียนถ่านเทภายในโรงเก็บ

       4. โรงเก็บควรสร้างให้แข็งแรงมิดชิด เพื่อป้องกันนก หนู และแมลง ที่สามารถเข้ามาทำลายเมล็ดพันธุ์ที่อยู่ภายใน

       5. ทำความสะอาดโรงเก็บเป็นประจำ เพื่อเป็นภาพพจน์ที่ดีและช่วยลดการระบาดของนกหนูและแมลงต่างๆ